软件介绍
cytoscape软件简介
cytoscape它广泛应用于生物信息学领域，可以帮助用户处理、分析和可视化复杂的生物分子交互网络。它的主要功能包括数据导入、网络布局、节点和边缘属性编辑、网络查询和搜索、网络模块检测等。它支持多种数据格式，方便用户导入不同的生物分子数据，是生物学研究的必备工具。
cytoscape软件亮点
互操作性
由于cytoscape支持导入/导出标准文件格式，您可以轻松地将标准文件格式导入/导出cytoscape在你的工作过程中。例如，如果您有一个由igraph或Bioconductor生成的网络数据，cytoscape文件可以以文本表的形式加载，并以PSI-MI的形式导出，供其他生物信息工具或您自己的应用程序/脚本使用。
从3.3版开始，cytoscape支持RESTfulAPI的编程访问。您可以使用您选择的编程语言访问。cytoscape创建网络、应用布局或图像导出等核心功能。
会话文件
您可以通过一键保存您的工作。所有的设置、数据文件和可视化都包装在会话文件中。它被称为会话文件。cytoscape会话(.cys)文件。cytoscape会话文件包括网络属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘，窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。
布局
二维空间布局网络。有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yfiles有机布局。您还可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。
图像导出
您可以将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDFF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像(PDF和PS)可通过其他应用程序(如Adobe**)进行修改，以进一步增强。
VizMapper
使用强大的Visualstyles自定义网络数据显示。查看网络上基因表达比和p值的叠加。表达数据可以根据用户配置的颜色和可视化方案映射到节点颜色、标签、边界厚度或边界颜色。
筛选
过滤网络，根据当前数据选择节点和/或相互作用的子集。例如，用户可以根据基因表达数据加载的p值选择参与交互阈值数量的节点、共享特定GO注释的节点，或在一个或多个条件下基因表达水平发生显著变化的节点。您可以从过滤结果中创建一个新的网络。
检索
从搜索窗口搜索目标节点和边缘。Lucene语法支持任何复杂的查询。
浏览
放大/缩小和平移浏览网络。使用网络管理器可以轻松组织多个网络。这种结构可以保存在会话文件中。使用鸟瞰图轻松浏览大型网络。通过高效渲染引擎轻松浏览大型网络(1万 节点和边)。
查找模块/集群
寻找活跃的子网络/途径模块。根据基因表达数据筛选网络，找出相互作用的连接集，即相互作用的子网络，其基因表现出特别高的差异表达水平。每个子网络中包含的相互作用为控制观察到的表达变化的调节和信号传导的相互作用提供了假设。加载到任何地方cytoscape在网络中找到簇(高度相互连接的区域)。根据网络的类型，簇的含义可能不同。例如，蛋白质-蛋白质相互作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一部分。蛋白质相似性网络中的簇代表蛋白质家族。
应用管理器和应用商店
应用程序可用于网络和分子轮廓分析。cytoscape这是一个用Java编写的软件，你可以通过编写Java代码来编写自己的App进行数据分析、导入和可视化。更多的应用程序可以在更多的应用程序中使用cytoscape在AppStore中找到。您可以在AppManager中一键安装大部分Apps，也可以直接从AppStore中安装(这是cytoscape3的一个功能)。
cytoscape软件特色
cytoscape该软件使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIS使用两种导航机制：缩放和平移。根据用户想要看到的内容来增加或减少视图的放大
节点和边缘列数据
交互网络作为一种独立的模型是有用的。然而，当它们与其他信息结合时，它们对回答科学问题是最有效的。cytoscape允许用户添加任何节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列cytoscape中
cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序进行扩展。它们可以以各种方式扩展细节。cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种新的分析网络的方法。您可以在安装中安装它cytoscape然后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的。cytoscape用户开发。
如果你熟悉cytoscape2.你可能知道细节cytoscape应用程序被称为插件。从cytoscape3.0开始，我们称之为应用。
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